為了確保反滲透處理系統正常地運轉，需要對工藝系統操作運行的工況條件加以控制，具體控制要素包括以下幾個方面。
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pH值。不同材質的反滲透膜具有不同的pH值適用范圍。通常，醋酸纖維膜運行時的pH值應控制在4～7之間，而芳香聚酰胺膜運行時的pH值應控制在3～11，復合膜的pH值允許范圍約為2～11。
2
溫度。反滲透過程中，料液溫度隨操作的進行會有所提高。在一定范圍內，溫度升高引起料液黏度的降低，有利于反滲透產水量的增加，通常溫度值增加1℃，膜的透水能力約增加2．7％。商品膜所標注的膜透水能力一般為水溫在24～25℃的數據值，需通過校正系數推算工況溫度下的實際透水能力。應注意的是，操作溫度不可超過膜的耐熱溫度，否則將影響膜的使用壽命。
3
預處理。處理料液的pH值、所含懸浮物及微生物量的高低等，都會影響反滲透的效果，因此必要時需對原水采取行之有效的預處理措施，如pH值調節、過濾、消毒等，以充分發揮反滲透的工作效率。
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操作壓力。在反滲透過程中，維持和提高操作壓力有利于提高透水率，并且由于膜被壓密，鹽的透過率會減小。但操作壓力超出一定極限時，由于膜壓實變形嚴重，會導致膜的透水能力衰退和膜的老化。因此，應根據實際處理料液和所選反滲透膜的耐壓性能，選擇適當的運行操作壓力。
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膜組件的清洗效果。膜污染是反滲透運行中必然產生的一種影響系統正常運行的現象。即使在操作之前對料液進行預處理，也不能完全消除膜的污染，膜污染產生后，輕則引起產水量及除鹽率下降，重則對膜的壽命產生極大影響，甚至造成處理系統運行癱瘓。因此，需要根據實際情況定期對膜組件進行清洗。
膜的清洗分物理法和化學法兩種
物理法一般是指水力學清洗，如機械擦洗和反洗等。水力學清洗的主要方法是反洗，如水沖洗和氣水反沖膨脹法。因為水洗無化學品引入，所以水洗的方法最為經濟。反洗是指從透過側吹氣體或液體，將膜面堆積物去除的方法，外部加壓是指用0.1MPa的壓縮空氣或帶壓液體逆洗，內部抽吸是指周期性的將膜外側的空氣或液體吸入膜內側進行逆洗。
化學法是采用一定的化學清洗劑，在一定的條件下一次沖洗或循環沖洗膜面的方法。在化學清洗中，必須考慮到兩點：
① 清洗劑必須對污染物有很好的溶解和分解能力；
② 清洗劑必須不污染和不損傷膜面。
因此，根據不同的污染物確定其清洗工藝時，要考慮到膜所允許使用的pH值范圍、工作溫度及其膜對清洗劑本身的化學穩定性。常用的清洗藥劑包括硝酸、磷酸、檸檬酸、氫氧化鈉以及?洗滌劑等。清洗劑種類、濃度及清洗時間的選擇需視實際具體情況，根據經驗或清洗試驗的結果確定。
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